Вони являють собою об'єднання двох або більше амінокислот через зв'язок між вихідним і пептидами. У продуктах і в білках ці зв’язки пов’язані з пептидними зв’язками та результатом реакції карбоксильної групи з аміногрупою іншої з елімінацією молекули води.
Пептидная зв'язок (-CO-NH-), як правило, представлена в вигляді одинарного зв'язку. Без однак, має ряд характеристик, які приблизні подвійний зв'язок. Оскільки азот менш електронегативний, ніж кисень, зв'язок CO має 60% характер подвійного зв'язку, тоді як зв'язок CN становить 40%. Отже, зв'язки CO і NC пептидного зв'язку мають проміжні характеристики між одинарним зв'язком і подвійним зв'язком. Насправді міжатомні відстані, виміряні в зв'язку CO і CN, є посередниками між одинарними з'єднаннями та подвійним зв'язком. Це атомне розташування стабілізується за допомогою резонансу, так що шість атомів, що беруть участь в утворенні пептидного зв’язку, містяться в одній площині.
Іншим важливим наслідком резонансу є те, що він збільшує полярність пептидного зв’язку і встановлює дипольний момент (справа на малюнку в таблиці вище). З цієї причини кожна пептидна зв'язок може брати участь у двох водневих зв'язках. В одному з них група -NH- діє як донор водню, а в іншому група -CO- діє як рецептор водню. Ця властивість суттєво сприяє тривимірному згортанню білків, як ми побачимо пізніше.
Частковий характер подвійного зв'язку запобігає вільне обертання зв'язку, яка з'єднує атоми С і N в пептидного зв'язку. Ця жорсткість подвійного зв'язку обмежує конформаційні можливості пептидів. Існує дві можливі конфігурації:
- Конфігурація Cis: два Ca знаходяться на одній стороні подвійного зв'язку.
- Транс-конфігурація: два Ca знаходяться на іншій стороні подвійного зв'язку.
Слід зазначити, що в цілому пептидний зв'язок представлений як одинарний зв'язок. У будь-якому випадку, він має кілька характеристик, які роблять його близьким до подвійного зв’язку. Ось чому фахівці загалом згадують, що пептидний зв’язок має властивості, які розміщують його на півдорозі між одинарним зв’язком та подвійним зв’язком.
