Катакомби виникли щодо катакомбах Риму, назва спочатку дано на давньому цвинтарі недалеко від Аппиевой дороги. Кладовище Невинних (недалеко від Сен-Есташ, в районі Les Halles) було вже в експлуатації на протязі майже десяти століть і став джерелом з інфекції для місцевих жителів. Після численних скарг Державна рада 9 листопада 1785 р. Вирішила заборонити подальше використання Кладовища невинних та ліквідувати його вміст.
Неприйняті кар’єри були обрані для отримання останків; місто Париж тільки що завершив загальний огляд кар'єрів по зміцненню громадських доріг підривали ними. Будівельні роботи виконувались у кар’єрі «Томбе-Іссуар» із використанням великої кількості каменю, зміцнення галерей та завершення розкопок сходів, оточених ямою, в яку можна було кинути кістки.
Передача останків могла розпочатися після благословення та освячення місця 7 квітня 1786 р., І тривала до 1788 р., Завжди у сутінках та після церемонії, в якій процесія священиків у великій кількості співала службу мертвим. вздовж дороги біля возів, завантажених кістками, які були вкриті чорною завісою. Потім, до 1814 року, місце отримало залишки всіх кладовищ Парижа.
Були й інші причини, які призвели до вибору підземних розкопок. У християн почуття спільності жилося з великою силою: вони також хотіли бути разом у « мрії про смерть ».
Згідно з римським законом, поховання померлих у міських стінах було заборонено, всі катакомби розташовувались вздовж великих консульських доріг та, загалом, у передмістях того часу.
Паризькі катакомби знову відкрилися 14 червня 2005 року після декількох місяців закриття будівництва. Освітлення відрегульовано, склепіння зміцнено, а кісткові стінки змінено.
