Цей термін має різні поняття, кожен з них буде залежати від наукової спеціальності, де він застосовується. Наприклад, в біології епігенез - це стара теорія про механізм розвитку людини, тобто ембріон еволюціонує, починаючи з ще не розрізненої зиготи, яка свідчить про відсутність мініатюрних елементів, органів які вже є в гаметах.
Ця теорія суперечить теорії преформації, яка стверджує, що еволюція зародка являє собою ріст організму, який вже був сформований. Однак , згідно з епігенезом, органи, що складають зародок, утворюються з нічого за допомогою подразників, що надходять з навколишнього середовища.
Ця теорія інтерпретує механізм остаточної настройки, за допомогою якого кожна істота ефективно поєднується зі своїм оточенням, починаючи з можливостей, включених у її генетичне кодування. Оскільки гени, як правило, є частиною дещо складної мережі взаємодій, що підтримують зворотній зв'язок. І тому вони не діють самостійно.
Протягом історії завжди існували суперечки, які стикаються з епігенетичною теорією з преформацією. Однак преформаціонізм закінчується в той самий момент, коли технологія може продемонструвати епігенетичне походження органів. Слід додати, що ця дискусія була однією з найбільш історичних, коли-небудь бачених, вона проводилася протягом XIX століття.
Тепер, в області мінералогії, термін епігенез використовується для позначення модифікації хімічної природи у вигляді мінералу, без необхідності змінювати свою структуру.
